数幸运的国民突击队士兵成功地逃过一劫、抵达了被敌人占据的建筑物附近。他们忐忑不安地等待着来自上级的新命令，好在这一次国民突击队各中队的指挥官们没有丧心病狂地下令让少数攻入敌军防御地带的幸存者再主动向建筑内部的敌军发起和自杀式袭击无异的进攻。更为训练有素的民兵指挥官和士官在友军的火力掩护下进入港区，指挥这些脱离上级命令后不知该做些什么的国民突击队士兵在各街道和交通枢纽附近构筑火力点、防止港区内的敌军把已占领区域转变为连成一体的堡垒。固然又会有许多人在此期间牺牲，但正如长间晋三所言，若日本不能自行夺回主权而始终依赖他人的施舍，则日本人势必在下一次决定日本命运又缺乏外部盟友支援的斗争中一败涂地——长间晋三相信每一名在这场战争中倒下的日本人都死得其所，对他的话半信半疑的民兵们则祈祷最好如此。
9月12日上午，经历了整整一夜的分割包围行动后，抗体部队和近畿师团一同向占领港区的敌军第11空降师发动进攻。双方将各自Endlave机甲部队重组为战斗群、由抗体部队统一指挥，并借助它的机动性和火力在接下来的几个小时内成功地将港区内敌军各部分割包围。
获悉敌军已插翅难飞，麦克尼尔赶往前线向敌军喊话，要求第11空降师放下武器向GHQ一方的美军投降，但敌人没有正面回应他，只是向他所在之处附近胡乱发射了几枚***。见敌人仍企图负隅顽抗，担心干涉军向东京市区投入更多兵力的麦克尼尔当即决定继续围攻，这一次的攻势将持续至港区之敌彻底丧失战斗能力为止。
事实证明敌人也没有坐以待毙的打算，被围困在港区GHQ总部办公园区一带的敌军在9月12日就尝试着突破包围圈，但他们的几次试探都受到了近畿师团的反击。认为敌军极有可能向南方撤退、与后续登陆部队一同巩固东京滩头阵地的麦克尼尔因而重组了防线、将包括抗体部队特别机动大队在内的主力部署在南线以防敌军突围，然而9月13日上午在海军舰队的支援下有序撤出防区的敌军却偏偏向北转移了，这又让远道而来的大阪军指挥官们十分疑惑不解。
“敌人对以港区和六本木要塞为中心的这一区域情有独钟，他们的作战计划出发点简直没法以常理解释。”百思不得其解的鲁卜上尉虽然也不知道攻入东京的敌军为什么一再做出些反常的决策，他根据敌军近期的怪异动向和抗体部队搜集到的各种情报判断敌人的真实意图是占领六本木要塞——尽管这对干涉军而言并无实际意义。“…
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